Die Frühzeit Heidelbergs liegt im Dunkeln. Die in Heidelberg vorhandenen schriftlichen Zeugnisse sind spärlich, viele sind beim Brand der kurfürstlichen Kanzlei 1462, bei der Zerstörung der Stadt in den Kriegen des 17. Jahrhunderts, beim Brand der Verwaltungskanzlei des Klosters Schönau im Heidelberger Mönchshof 1729 und beim Rathausbrand 1908 untergegangen. Am 25. März 1945 ließ Oberbürgermeister Carl Neinhaus belastende Akten (darunter Dienstakten aus der Registratur des Personal- und Organisationsamtes) aussortieren und im Heizungskeller des Rathauses verbrennen. (Diese Akten fehlten nach 1945 in den Spruchkammerverfahren, um die Vorgänge in der Stadtverwaltung aufzuarbeiten). In der Nacht vom 26. zum 27. März 1945 ließ der Kreisleiter der NSDAP Partei-Akten verbrennen. Die Heidelberg betreffenden Primärquellen aus anderen Archiven (Speyer, Karlsruhe, Würzburg, München, Amberg...) sind nicht annähernd ausgeschöpft.
Die Stadt wurde wahrscheinlich Anfang des 13. Jahrhunderts von Angehörigen dreier noch strittiger Adelsfamilien (Wittelsbacher, Welfen, Staufer?) auf dem Territorium des Hochstift Worms, auf der Gemarkung des in der Merowingerzeit gegründeten Dorfes Bergheim, an der Grenze des Altsiedellandes zum Waldgebirge, auf der Hochterrasse des südlichen Neckarufers, im Gebiet zwischen heutiger Grabengasse, Plankengasse, Flußufer und Gebirgsfuß gegründet. Über Gründer, Gründung und Stadtrechtsverleihung fehlen schriftliche Quellen. Erst aus der Vita Eberardi de Commeda (Leben des hl. Eberhard von Kumbd, um 1220) ist für die Jahre 1170/1182 auf die Existenz einer Burg des Pfalzgrafen Konrad von Staufen (*um 1134/36, †8./9. 11. 1195) auf dem Kleinen Gaisberg bei Heidelberg und indirekt auch einer zugehörigen Siedlung zu schließen.
Der erste urkundliche Beleg für die Siedlung Heidelberg stammt von 1196. Anläßlich von Schenkungen an das Kloster Schönau wird in der Zeugenreihe ein Chunradus plebanus in Heidelberch, Leutpriester, urkundlich genannt, der an einer nicht näher benannten Heidelberger Kirche seinen Dienst versah. Über Herkunft und Bedeutung des Namens Heidelberg gibt es keine gesicherten Erkenntnisse. Wahrscheinlich war es zunächst der Name einer Burg.
Gegenüber der Stadt, auf dem Nordufer des Neckar, dominiert der seit prähistorischer Zeit als Kult- und Befestigungsplatz genutzte Heiligenberg (439 m über NN, älteste Funde der Bandkeramik um 5500 v. Chr., um 3000 v. Chr. dauerhafte Siedlung der mittleren Jungsteinzeit, um 1200 v. Chr. erste Siedlung der Bronzezeit, um 600-250 v. Chr. keltische Höhensiedlung, im 1./2. Jahrhundert n. Chr. von den Römern genutzt, um 700-820 fränkischer Königshof, dann bis ins 16. Jahrhundert Kloster) die Stadt. Südlich der Stadt erheben sich der bis in die Neuzeit am Gipfel siedlungsfreie Königsstuhl (566 m über NN) und der Gaisberg (375 m über NN).
Um 41 n. Chr. bauten die Römer an der Stelle des späteren Dorfes Neuenheim ein Kastell und besetzten es mit der 24. römischen Kohorte und der zweiten Cyrenaikischen Kohorte (CCG XXIIII und CCH II CYR, "Cohors II Augusta Cyrenaica equitata"). Mit der Niederlassung von Kaufleuten, Handwerkern und Bauern entstand eine Siedlung unbekannten Namens („Heidelberger Nordvicus“) mit Ziegeleien und Töpfereien. Um 100 n. Chr. errichteten die Römer eine erste Holzbrücke über den Neckar. Südlich des Neckar an der Stelle des späteren Dorfes Bergheim entstand eine Brückenkopf-Siedlung („Heidelberger Südvicus“). Mehrere Überlandstraßen trafen in Heidelberg aufeinander. Die Römer blieben hier bis zur Ankunft der Alamannen um 250 n. Chr.
Seit der Römerzeit treffen am Übergang der Bergstraße über den Neckar Überlandverbindungen von Mainz-Worms bzw. von Speyer-Straßburg her zusammen. Die Schiffahrt auf dem Neckar war durch häufig sich ändernden Wasserstand und zahlreiche Klippen zwischen Ziegelhausen und Karlstor bis zur Kanalisierung 1928 erschwert. Über Paßwege ins Königstuhl-Massiv (z.B. Wolfshöhlenweg, Sensenried, Bergheimer Steige, Plättelsweg) gibt es Verbindungen in den kleinen Odenwald, in den Kraichgau, nach dem mittleren Neckar (Wimpfen), nach Franken und Schwaben. Die Gründung des Gutleuthauses (Leprosorium) am Neckar bei Schlierbach im Jahre 1430, etwa an der Stelle des späteren Bahnhofs Schlierbach-Ziegelhausen, läßt vermuten, daß schon im Spätmittelalter am südlichen Neckarufer eine gut frequentierte Landstraße von Heidelberg gen Neckargemünd zog.
Um 500 n. Chr. (unter König Chlodwig I.) wird das Gebiet um das heutige Heidelberg Teil des Frankenreichs. Zahlreiche Dörfer werden gegründet (darunter einige spätere Heidelberger Stadtteile), die nicht alle Bestand haben. Die Herrschaft führt das Christentum ein, das sich im Volk nur langsam durchsetzt.
Der Legende nach sollen sich im 11. Jahrhundert Augustinermönche „in dem damals noch unwirthbaren und wilden Thale, wo sich jetzt Heidelberg ausbreitet,“ niedergelassen und den Ort bzw. ihre Kapelle „zur heiligen Jungfrau in der Wüste“ genannt haben (Rieger 1824). Das älteste nachgewiesene Heidelberger Kloster ist das Franziskanerkloster („Barfüßer“), das zuerst vor dem oberen Tor, d. h. außerhalb der Stadtmauern errichtet wurde, 1268 erstmals belegt, 1320 auf den heutigen Karlsplatz verlegt. Das zweitälteste Kloster ist das der Augustiner-Eremiten (1279 belegt, im Bereich des heutigen Universitätsplatzes unmittelbar an der westlichen Stadtmauer).
Besiedelt war Heidelberg schon in vorstaufischer Zeit. Am Ausgang der "Klinge" hat der Klingenteichbach einen Schwemmkegel angeschwemmt, der sich als hochwasserfreier Siedlungsplatz darbot. Lange vor Gründung der Stadt gab es hier eine Rodungs-Siedlung. Der Weiler, dessen Namen wir nicht kennen, erstreckte sich ungefähr zwischen heutiger Kettengasse, Theaterstraße und Hauptstraße. Er bestand aus wenigen Gehöften, einer Kapelle an der Stelle der heutigen Peterskirche, einer Mühle und einer Schiffslände am Neckar. Die Verbindung zwischen Dorf und Fluß über die Linie Sandgasse-Schiffgasse dürfte einer der ältesten Wege in Heidelberg gewesen sein. (Etwas flußaufwärts, gegenüber, am Südosthang des Heiligenberg bei der Hirschgasse, auf mainzischem Gebiet, lag an dem dortigen Bach ein ähnlicher Weiler, Darsbach oder Dagersbach.)
Von den regelmäßig wiederkehrenden Hochwassern des Neckars war die frühe Siedlung weitgehend verschont, denn das Wasser stieg in der Regel nur bis zu einer Linie, auf der heute die Hauptstraße verläuft. (Das Gelände nördlich dieser Linie war durch häufige Überschwemmungen verschlammt). Die Einwohner der Siedlung ernährten sich von der Arbeit als Fischer, Schiffer, Weingärtner, Wald- und Ackerbauern. Ihre Gärten und Äcker dürften sie im Bereich der heutigen Plöck angelegt haben, dem damals siedlungsfreien Raum zwischen heutiger Grabengasse und Sophienstraße. Dort führte auch ein Weg zum Nachbardorf Bergheim. Der Weiler ging bald nach der Stadtgründung unter, geblieben ist die Peterskirche, die erst viel später (1357) unter diesem Namen in Urkunden auftaucht.
Der Burgweiler der wormsischen Burg wird an der Kettengasse, beim Markbronner Tor, östlich der Peterskirche angenommen.
1156 belehnte Kaiser Friedrich I. Barbarossa auf dem Reichstag zu Worms seinen jüngeren Halbbruder Konrad von Staufen (†1195) anstelle des abgesetzten Hermann von Stahleck mit der Pfalzgrafschaft bei Rhein. (Reichsrichter und Stellvertreter des Königs). Das Amt wird so zum Namensgeber des Landes Pfalz. Damals war Burg Stahleck bei Bacharach Residenz der Pfalzgrafen und Zentrum der rheinischen Pfalzgrafschaft. Als Konrad sein politisches Betätigungsfeld an den unteren Neckar verlagert, konzentriert sich sein Interesse zunächst auf Heidelberg.
König Friedrich II. verlieh 1214 Ludwig I. von Wittelsbach, Herzog von Bayern (dem "Kelheimer") die Pfalz bei Rhein. Dessen Sohn Otto II. wurde als Sechsjähriger mit Agnes von Staufen, der Erbin der Pfalz, verlobt. Damit kam der goldene Pfälzer Löwe auf schwarzen Grund als Wappentier an Bayern. Ab 1214, endgültig seit 1356 war der Pfalzgraf bei Rhein einer der sieben Kurfürsten des Heiligen Römischen Reiches und in Abwesenheit des Königs dessen Stellvertreter (Reichsvikar). Die wichtigere Kurfürstenwürde überdeckte dabei den Pfalzgrafentitel und ließ die Bezeichnung „Pfalz bei Rhein“ allmählich zum Namen für die Territorien des „Kurfürsten von der Pfalz“ bzw. für die Länder der mit ihm verwandter Nebenlinien werden.
Die erste Burg im Raum Heidelberg war vielleicht die Motte auf dem Kleinen Gaisberg (293 m über NN, 11./12. Jahrhundert). Um 1180 wird erstmals eine Burg des Pfalzgrafen Konrad bei Heidelberg erwähnt. Urkundliche Zeugnisse fehlen bis 1225. 1303 werden zwei Burgen erwähnt, nämlich eine auf der Granitterrasse des Jettenbühl ("niedere Burg", 195 m über NN, 1689/1693 Befestigungsanlagen gesprengt, 1764 durch Blitz zerstört) und die andere auf dem Kleinen Gaisberg ("obere Burg", "Alte Schloß", wohl die ältere Burg, 1537 durch Pulverexplosion zerstört).
Die obere (alte) Burg auf dem Kleinen Gaisberg hat um 1170 wohl Pfalzraf Konrad von Staufen bauen lassen. Die untere (neue) Burg auf dem "Jettenbühl" ließen die Bayernherzöge aus dem Hause Wittelsbach bauen, die von Stauferkönig Friedrich II., Barbarossas sizilianischem Enkel, seit 1214 mit der Pfalzgrafschaft bei Rhein belehnt waren.
Eine der Burgen diente seit etwa 1180 Pfalzgraf Konrad als Residenz, nach der Übernahme der Pfalzgrafschaft durch das Haus Wittelsbach 1214 als Nebenresidenz, verwaltet von einem Vitztum. Alter und Gestalt der frühen Burg waren lange umstritten. Inzwischen konnten Reste der Ringmauer nachgewiesen werden, die den Rahmen für die Randbebauung des Schloßhofs vorgibt.
Erst 1225 belehnte Bischof Heinrich von Worms formell den Wittelsbacher Ludwig I., Herzog von Bayern und Pfalzgraf bei Rhein, und Agnes aus dem Hause Braunschweig, die Gemahlin seines Sohnes Otto II. von Bayern, sowie deren Erben als Hochzeitsgabe mit Burg und Burgflecken Heidelberg (castrum in Heidelberg cum burgo ipsius castri) sowie mit der Grafschaft (comecia) Stahlbühel. Jetzt wird die Siedlung erstmals als civitas bezeichnet. Pfalzgraf Otto II. verlegte die Residenz der Pfalzgrafen bei Rhein von Burg Stahleck nach Heidelberg. Von 1228 bis 1720 ist Heidelberg Residenz der 1356 zum Kurfürstentum aufgestiegenen Pfalzgrafschaft bei Rhein.
Nordöstlich der Peterskirche wird um 1200 planmäßig eine mauerumwehrte Stadtanlage angelegt (1235 erster schriftlicher Beleg für eine Stadtmauer). Über eine Stadtrechtsverleihung ist nichts bekannt. Am Abzweig der zur Neckarquerung führenden Trasse Steingasse/Haspelgasse wird am Markt eine Kapelle mit Heilig-Geist-Patrozinium (Filiale von St. Peter) errichtet, an der um 1400 das Stift entstand, im Tausch versehen mit der ursprünglichen Bergheimer Pfarrpfründe (seit 1410 pfalzgräfliche Grablege). Am Anfang des 13. Jahrhunderts erhält die Kern-Altstadt ihr heutiges Gesicht.
Grenzen der Gemarkung des alten Heidelberg sind im Norden der Neckar, im Osten die Gemarkung (Neckar-)Gemünd, im Süden die Gemarkungen (Wald-)Hilsbach, Bammental, Gaiberg, Rohrbach, Kirchheim, im Westen die Gemarkungen Eppelheim und Wieblingen (bis 1392: Gemarkung Bergheim). Die Altgemarkung umfaßte zum 31. Dezember 1890 3308 Hektar.
Das ursprüngliche Neckarfahr (Übersetz-Recht, Lehen des Bischof von Worms) befand sich bei Bergheim, seit Pfalzgraf Konrads Niederlassung weiter östlich bei Neuenheim. Im Zuge der Stadtentstehung wird der Flußübergang von der Bergstraßen-Furt flußaufwärts verlegt, 1217 als Fähre, 1284 als (hölzerne) Brücke wohl in Höhe der Haspelgasse/Steingasse erstmals bezeugt. 1218 verkauft das Wormser Andreasstift die Fähre an Kloster Schönau. Die hölzernen, gedeckten Brücken werden wiederholt durch Natur- und Menschengewalt zerstört und an der selben Stelle wiederaufgebaut. Die steinerne 9. und heutige Brücke („Carl-Theodor-Brücke“) wird 1786 eröffnet. Sie wird am 29. März 1945 von deutschen Truppen gesprengt, wobei zwei Pfeiler und drei Bögen zerstört werden.
Am Weg zum Schloß bildete sich eine Sondergemeinde (Schloßberg), 1359 erstmals belegt, bis 1743 mit eigenen Privilegien und Gerichtsbarkeit, bewohnt von herrschaftlichen Bediensteten.
Heidelberg gehörte im Mittelalter zu den sogenannten Minderstädten, d.h. Orte mit eingeschränktem Stadtrecht. 1203 ist ein Schultheiß bezeugt, 1280 ein Bürgermeister. Der Schultheiß vertrat die Obrigkeit, er war kurfürstlicher Beamter (ab 1717 Stadtdirektor genannt). Die Bürger waren vermutlich von Anfang an körperlich frei, bleiben jedoch der Herrschaftsgewalt des Pfalzgrafen unmittelbar unterworfen. Dieser setzte Ratsmitglieder und Bürgermeister ein und ab. Ein Mitwirkungsrecht der Bürger existierte nicht.
Das erste bekannte Stadtsiegel von 1257 zeigt nur den einköpfigen kaiserlichen Adler. Seit 1344 zeigt das Siegel den aufgerichteten Wittelsbacher Löwen, auf der Brust das Wittelsbacher Rautenschild, welches im selben Jahrhundert wieder verschwindet. Um 1414 wird die Königskrone, 1436 der Dreiberg hinzugefügt.
1278 bzw. 1288 wird von einem Brand von Schloß und Stadt Heidelberg berichtet.
Durch die erste bayerische Landesteilung erhält 1255 Herzog Ludwig II. der Strenge, Sohn Otto des Erlauchten, den westlichen Teil Bayerns mit der Residenzstadt München und die Pfalz bei Rhein. 1329 teilt der Hausvertrag von Pavia wiederum die Wittelsbacher Länder. Die Pfalz bei Rhein (mit Oberpfalz) wird von Bayern getrennt. Die Kurwürde sollte zwischen beiden Ländern wechseln (nicht realisiert). Kaiser Ludwig der Bayer überträgt den Söhnen seines Bruders Rudolf einen großen Teil der Oberpfalz und die Pfalz bei Rhein mit Heidelberg als Hauptstadt.
1356 versuchen Heidelberger Bürger einen Aufstand gegen Kurfürst Ruprecht, der zu diesem Zeitpunkt mit seinem Hofstaat in Metz ist. Über den Aufstand selbst ist nichts bekannt, lediglich die Reaktion Ruprechts: Die Heidelberger Bürger müssen hinfort viermal jährlich beschwören, keine eigene Stadtordnung mehr aufzurichten, keinen Bürgermeister und keine Ratsleute mehr ein- oder abzusetzen, nichts mehr gegen seine Amtsleute, Pfaffen, Laien und Juden zu unternehmen, und sie müssen dem Kurfürsten huldigen.
1386 gründet Kurfürst Ruprecht I. in Heidelberg eine Universität. Sie ist nach Prag (1348) und Wien (1365) die dritte Universitätsgründung im römisch-deutschen Reich. Das abendländische kirchliche Schisma, das das westeuropäische Christentum in zwei feindliche Lager spaltete, wurde 1378 ausgelöst durch die Doppelwahl eines Nachfolgers des Papstes Gregor XI. Ein Nachfolger residierte in Avignon und der andere in Rom. Die deutschen säkularen und geistlichen Herren sprachen sich für den Papst in Rom aus, was für Studenten und Lehrer deutscher Nation den Verlust von Mitteln und Ausbildungsrechten in Paris bedeutete. Kurfürst Ruprecht I. nutzte dies zu Verhandlungen mit der Kurie, um eine Stiftungsbulle zur Gründung der Universität Heidelberg auszustellen. Am 26. Juni 1386 beschloß er, gemäß der päpstlichen Erlaubnis in Heidelberg ein Studium Generale nach Pariser Vorbild einzurichten. Als Organisator und erster gewählter Rektor bestimmte neben dem Kurfürsten der niederländische Gelehrte Marsilius von Inghen (1340/1396) die Gründungsphase der Universität. Nach bescheidenen Anfängen mit drei Magistern nahm die Zahl der Lehrer und Studenten in den vier Fakultäten Theologie, Jurisprudenz, Medizin und Artistenfakultät rasch zu. Bis zur Mitte des 16. Jahrhunderts bestand der Lehrkörper aus etwa 15 Personen; die jährlichen Neueinschreibungen stabilisierten sich bei durchschnittlich 170.
1390 vertreibt Kurfürst Ruprecht II. die Juden, deren Anwesenheit 1275 erstmals erwähnt wurde, aus der Stadt. Er läßt ihr Eigentum konfiszieren und der Universität übergeben. Die Synagoge wird Marienkapelle und Hörsaal. 1392 erweitert er die Stadt nach Auflassung des Dorfes Bergheim und Zwangsumsiedlung seiner Bewohner in den Raum zwischen der heutigen Sofienstraße und der Grabengasse ("westliche Vorstadt").
Die ältere Stadtmauer begann beim Glockenturm des Schlosses, zog geradenwegs den Berg herab auf den Neckar zu und war hier an der Ostseite durch mehrere Türme verstärkt. (Eselspfadturm, Kaltetalturm, das innere Obertor=Jakobspforte, das hintere oder äußere Obertor). Weiterhin führte die Stadtmauer den Neckar entlang über Leyertor, Tränktor, Judentor bis zum Mantelturm, bog von hier im rechten Winkel ab hinauf bis zum Hexenturm. Hier teilte sich die Mauer, eine kleinere zog auf das Keltertor zu, eine andere folgte dem Verlauf der heutigen Seminarstraße und Zwingerstraße und erreichte so das Schloß.
Nach der Erweiterung der Stadt im Jahre 1392 wird die Stadtgrenze bis zum heutigen Bismarckplatz nach Westen vorgeschoben und die Vorstadt mit Ausnahme der Neckarseite in die Befestigung durch starke Mauern und wehrhafte Türme einbezogen. Zu dieser jüngeren Stadtbefestigung gehört eine Reihe von Türmen (der Roteturm, das Speyerer Tor, der Pulverturm, mit dem Vorwerk Trutzkaiser durch einen Laufgraben verbunden, das Schießtor, das Kuhtor, das Klingentor, das Keltertor, das Markbronnertor)
1400 wird Kurfürst Ruprecht III. von den rheinischen Kurfürsten als erster und einziger Herrscher der Pfalz zum römisch-deutschen König gewählt, aber nur in einem Teil des Reiches anerkannt. Nach der allgemeinen Landschatzung von 1439 (Registrum exaccionis, älteste Steuerliste und damit Einwohnerverzeichnis Heidelbergs) hat Heidelberg etwa 5.500 Einwohner. Steuerpflichtig sind 642 Bürger und Bürgerinnen, darunter 129 Weingärtner. Die wachsende Bedeutung, die Heidelberg als Residenzstadt der Kurpfalz zukommt, wirkt sich auf die Bautätigkeit aus. Kurfürst Ruprecht III. läßt 1400 die Kapelle auf dem Marktplatz zur repräsentativen Heiliggeistkirche ausbauen. Der kurfürstliche Marstall samt Zeughaus am Neckarufer entsteht Anfang des 16. Jahrhundert. Im Heidelberg befinden sich ein Augustiner-, ein Franziskaner- und ein Dominikanerkloster. Zudem unterhalten die Klöster Neuburg, Lorsch, Schönau, Sinsheim und Maulbronn, der Deutsche Orden sowie die Bistümer Worms und Speyer Höfe in Heidelberg. Viele adlige Familien aus der Region verfügen über städtische Niederlassungen (Handschuhsheim, Helmstatt, Hirschhorn, Hohenlohe, Katzenellenbogen, Landschaden von Steinach, Venningen, Gemmingen, Bettendorf, Göler von Ravensburg, Leiningen, Seckendorf, Sickingen, Ulner von Dieburg, Zyllenhardt...)
1461 verpfändet der Mainzer Erzbischof Dieter von Isenburg im Gernsheimer Friedensvertrag das Amt Schauenburg mit Lorsch, Bensheim und Heppenheim an die Kurpfalz. Handschuhsheim, Neuenheim, Dossenheim und Heiligenberg fallen an Kurpfalz. Der Neckar ist damit nicht mehr territoriale Grenze zwischen der rheinischen Pfalzgrafschaft und dem Mainzer Hochstift. - 1465 gibt Kurfürst Friedrich der Siegreiche der Stadt Heidelberg eine neue Stadtordnung („Der von Heidelberg Freiheit“, 63 Artikel).
1485 erscheint in Straßburg ein Holzschnitt aus der Werkstatt von Johann Prüss mit der ältesten heute bekannten Darstellung Heidelbergs.
Im Landshuter Erbfolgekrieg kommt im Juli/August 1504 das Heer des Landgraf Wilhelm von Hessen vor Heidelberg, verheert die Gegend, verbrennt Handschuhsheim und Neuenheim ohne militärische Erfolge.
1556 führt Kurfürst Ottheinrich die lutherische Reformation in der gesamten Pfalz ein. 1563 entsteht im Auftrag Kurfürst Friedrich III. des Frommen der (calvinische) Heidelberger Katechismus. Ein erhaltenes Verzeichnis der Einwohner zeigt, daß Heidelberg 1588 etwa 5.500 Einwohner hatte, darunter 17 Goldschmiede und 580 Studenten.
Am 23. Dezember 1572 wird der reformierte Ladenburger Superintendent Johannes Sylvanus auf dem Heidelberger Marktplatz vor der Heiliggeistkirche als "Haupt der Antitrinitariergruppe" wegen Häresie ("Arianische Verschwörung" gegen das Trinitätsdogma) und Hochverrat ("Konspiration mit den Türken") mit dem Schwert hingerichtet.
1600/1601 läßt Kurfürst Friedrich IV. von der Peterskirche an auf der Linie der nördlichen Häuserzeile der heutigen Friedrich-Ebert-Anlage bis zur heutigen Sophienstraße eine Stadtmauer bauen. 1620-22 läßt Gouverneur Heinrich van der Merven Befestigungswerke längs der westlichen Vorstadtmauer Heidelbergs mit Trutzbayer, Tabakspfeife und Blauem Turm bauen.
1619 wird Kurfürst Friedrich V. von der Pfalz in Prag als Haupt der protestantischen Union gegen Ferdinand II. zum König von Böhmen ausgerufen. Im darauf folgenden Dreißigjährigen Krieg wird Heidelberg von fremden Truppen besetzt, zerstört und entvölkert. Am 16. September 1622 erobern die Truppen der katholischen Liga unter Tilly mit der kroatischen Reiterei die Stadt. Die Befestigungen Trutzbayer, Krähennest und Trutzkaiser fallen. Etwa 40 Häuser der Vorstadt, darunter das Dominikanerkloster, und das Franziskanerkloster werden niedergebrannt, der Hortus palatinus verwüstet. Das Schloß bleibt unversehrt. Die Stadt wird geplündert, unter den Bewohnern richten die kaiserlichen Truppen ein Blutbad an. An der Universität findet bis 1629 kein Unterricht mehr statt. Maximilian I., Herzog von Bayern, raubt die Bibliotheca Palatina (mit etwa 3.500 Handschriften und etwa 13.000 Drucken), und vermacht sie auf Wunsch von Papst Gregor XV. diesem als Geschenk.
1674 brennen Franzosen unter Marschall Turenne im Krieg des Reiches gegen Frankreich das Dorf Handschuhsheim nördlich von Heidelberg nieder. Der Knebelhof wird bis auf den Grund niedergebrannt (außer dem Treppenturm von 1609). Der Hof wird bald wieder aufgebaut. Die (später so genannte) Tiefburg ist seither Ruine. Das kurfürstliche Waisenhaus im Atzelhof wird zerstört (1685 wiederaufgebaut). Die Pfalz wird verwüstet.
Im Krieg der Augsburger Liga gegen Frankreich (1688-1697) verbünden sich Spanien, das Reich, Schweden und Bayern unter Führung von Wilhelm III. von Oranien im Kampf um die spanische Erbfolge gegen Frankreich. König Ludwig XIV. von Frankreich beansprucht rechtmäßig die Erbschaft seiner Schwägerin Elizabeth Charlotte von der Pfalz, die mit seinem Bruder Philipp Herzog von Orleans verheiratet ist (Anspruch auf das Privatvermögen und Allodialnachlaß ihres Bruders). Gemäß dem Regensburger Stillstand von 1684 werden deutsche Gebiete links und rechts des Rhein französisch besetzt. Kriegsminister François-Michel Le Tellier, Marquis de Louvois (†1691) plant die systematische Verwüstung der Pfalz und des Westrich. Der französische General Ezéchiel Comte de Mélac erhält den Befehl, Heidelberg bis auf die Grundmauern zu zerstören. Die Neckarbrücke und die Befestigungsanlagen des Schlosses werden gesprengt. Teilweise brennt die Stadt. 34 Häuser werden völlig zerstört. Das Rathaus verbrennt mit dem städtischen Archiv. Bei einer zweiten Eroberung 1693 wird Heidelberg von den Franzosen niedergebrannt und größtenteils unbewohnbar gemacht. Die Bewohner werden vertrieben. Die Festungsanlagen des Schlosses werden gesprengt. Sämtliche universitären Einrichtungen (außer dem Archiv), darunter die Bibliothek, fallen den Zerstörungen zum Opfer.
Die konfessionellen Spannungen zwischen der seit 1685 katholischen Dynastie und der überwiegend evangelischen Residenzstadt führen zum Umzug des Kurfürsten. 1720 verlegt Kurfürst Karl Philipp von der Pfalz Hofhaltung und Staatsverwaltung von Heidelberg nach Schwetzingen bzw. Mannheim. Bis zur Verlegung der Residenz nach Mannheim war Heidelberg das Zentrum kurpfälzischer Politik. Die Münchener Hausunion von 1724 zwischen Kurfürst Karl Philipp von der Pfalz und Kurfürst Max Emanuel von Bayern sichert die gegenseitige Beerbung ihrer Länder.
Am 31. Dezember 1777 stirbt der Kurfürst von Bayern Herzog Max III. kinderlos. Damit erlischt die bayerische Linie der Wittelsbacher. Kurfürst Karl Theodor von der Pfalz (1724-1799) wird sein Nachfolger und verlegt die Residenz nach München. Wiedervereinigung der Pfalz mit Bayern.
Am 27. Oktober 1789, drei Wochen nach der Stürmung des Schlosses in Versailles, überreichen 23 Deputierte der Heidelberger Bürgerschaft dem Kurfürsten eine Beschwerdeschrift gegen öffentliche Mißstände und Korruption der städtischen Verwaltung. Infolge des Frieden von Lunéville (1801) verliert die Universität Heidelberg alle Güter und Gefälle links des Rheins. 1801-1803 werden 6 Heidelberger Klöster mit ihren Kirchen aufgehoben.
Am 23. November 1802 fällt durch das Abtretungspatent von Kurfürst Maximilian Josephs die rechtsrheinische Pfalz (Oberämter Heidelberg, Ladenburg, Bretten mit den Städten Mannheim und Heidelberg) an Baden (Ende der Kurpfalz). Im 13. badischen Organisationsedikt vom 13. Mai 1803 beschließt Kurfürst Karl Friedrich von Baden die Aufhebung der konfessionellen Bindung und die Beendigung der Eigenfinanzierung der Universität Heidelberg. Die Hochschule wird zu einer staatlich finanzierten Anstalt. Am 27. Juni 1803 zieht Kurfürst Karl Friedrich von Baden in Heidelberg ein.
Beim Übergang der Stadt an Baden gehen das Stadtamt sowie die Ämter Ober- und Unter-Heidelberg hervor. Letztere werden 1813 zum Landamt Heidelberg zusammengefasst, das 1826 mit dem Stadt- zum Oberamt vereinigt wird, aus dem 1864 das Bezirksamt sowie 1939 die kreisfreie Stadt und der Landkreis Heidelberg entstehen. Letzterer geht 1973 im Rhein-Neckar-Kreis auf.
Am 5. Juni 1815 ziehen Kaiser Franz I. von Osterreich, Zar Alexander I. von Rußland, König Friedrich Wilhelm III. von Preußen und Kronprinz Ludwig von Bayern in Heidelberg ein und fassen den Gedanken der Heiligen Allianz.
Am 5. März 1848 tagt eine Versammlung von Politikern in Heidelberg, die die Einberufung einer deutschen Nationalversammlung beschließen.
In beiden Weltkriegen erleidet Heidelberg verhältnismäßig geringe Schäden. Am 30. Oktober 1918 erfolgt ein Fliegerangriff auf Heidelberg (Bombenschäden in der Umgebung des Stadtgarten. Der Neptungarten ist schwer geschädigt. Bombenschäden im Friedrichsbau (Hauptstraße 47-51) und in einem Haus zwischen Häusser- und Kaiserstraße).
In der Nacht vom 9. zum 10. November 1938 stecken Heidelberger Bürger die Synagoge in der Altstadt in Brand. Am 10. November 1938, morgens, verwüsten SA-Männer und Angehörige des Heidelberger SA-Studentensturms die Rohrbacher Synagoge (das Gebäude geht in Flammen auf, die Bäckerei Beer in der Rathausstraße 64 wird verwüstet). 75 männliche Heidelberger Juden werden in das Konzentrationslager Dachau deportiert. Am 22. Oktober 1940 werden 282 Juden aus Heidelberg und ca. 114 aus den Gemeinden des Landkreises mit anderen Juden aus Baden und der Pfalz in das Internierungslager Gurs (Pyrénées orientales) verschleppt. Am 14./15. Februar 1945 erfolgt die letzte Deportation aus Heidelberg von jüdischen Ehepartnern aus „Mischehen“ (zusammen mit 142 anderen „Halbjuden“ oder in „Mischehe“ lebenden Juden aus Baden und Württemberg) in das Durchgangslager Theresienstadt (Terezín, Nordböhmen).
Am 30. März 1945 wird Heidelberg von amerikanischen Truppen, die von Norden kommen, fast unzerstört und kampflos besetzt. Nach dem 2. Weltkrieg wird die Entwicklung durch den starken Zustrom von Flüchtlingen und Heimatvertriebenen in die unzerstörte Stadt bestimmt. 1950 zählt Heidelberg ca. 116.500 Einwohner, 1961 ca. 125.300. Die Stadtentwicklung Richtung Süden und Westen erhöht nach 1960 nochmals den Flächenverbrauch. 2010 kündigt die US Army an, ihre Standorte in Heidelberg bis 2015 aufzulösen. 2011 verläßt das V. US Army Corps Heidelberg und zieht nach Wiesbaden um. 2013 wird die amerikanische Flagge von den in Heidelberg stationierten US-Streitkräften zum letzten Mal eingeholt.
Heidelberg gehört seit dem Mittelalter kirchlich zum Bistum Worms, seit 1827 zur Erzdiözese Freiburg. Politisch gehört es von der Gründung bis 1803 zur Pfalzgrafschaft bei Rhein, bis 1806 zum Kurfürstentum Baden, bis 1918 zum Großherzogtum Baden, bis 1945 zum Land Baden, bis 1952 zum Land Württemberg-Baden, seither zum Land Baden-Württemberg, Regierungsbezirk Nordbaden.
1939 scheidet die Stadt Heidelberg aus dem 1938 gebildeten Landkreis Heidelberg aus und wird kreisfreie Stadt, bleibt aber weiterhin Sitz des Landkreises. 1973 wird der Landkreis Heidelberg mit dem Landkreis Mannheim zum Rhein-Neckar-Kreis vereinigt. Heidelberg bleibt kreisfreie Stadt und wird Kreisstadt des neuen Landkreises.
Stadtverwaltung und -regierung im 19. Jahrhundert bis 1918: Das Gesetz "besondere Bestimmungen über Verfassung und Verwaltung der Stadtgemeinde betr." vom 24. Juni 1874 bestimmt, daß der künftige Heidelberger Bürgerausschuß (außer den Mitgliedern des Stadtrats) aus 96 gewählten Stadtverordneten zu bestehen hat. Die Stadtverordneten haben das Budgetrecht. Die Wahlberechtigten werden zur Wahl der Stadtverordneten nach der Höhe der durch sie (die Wahlberechtigten) zu zahlenden Gemeindeumlagen (Steuern) in 3 Klassen eingeteilt. Jede Klasse wählt ein Drittel des Bürgerausschusses. Dieser wählt wiederum Oberbürgermeister und Bürgermeister sowie aus seinen Reihen den Stadtrat. Dem Stadtrat und den Bürgermeistern obliegt die eigentliche Leitung und Verwaltung der Stadtgemeinde.
Der am frühesten bezeugte spätere Stadtteil ist Handschuhsheim (22. Juli 765). Andere früh genannte späteren Stadtteile sind Neuenheim (765), Rohrbach (766), Wieblingen (766), Kirchheim (767), Bergheim (769, nach 1392 wüst). Die Dörfer sind in der Merowingerzeit gegründet worden, Näheres ist darüber nicht bekannt. Auch im Hainsbachtal am westlichen Heiligenberghang gab es eine fränkische Siedlung. 767 wird erstmals das Dorf Hillenbach zwischen Dossenheim und Handschuhsheim erwähnt (1295 letztmals erwähnt). 1150 wird erstmals das Dorf Schlierbach genannt. 1211 wird das Dorf Dagersbach (Darsbach) am Südosthang des Heiligenberg, bei der Hirschgasse, auf mainzischem Gebiet, als eine dem Kloster Lobenfeld zugeordnete Siedlung erwähnt (fällt noch im Hochmittelalter wüst). Weitere Wüstungen Im Raum Heidelberg sind Roolfshusen (Gemarkung Handschuhsheim), Steinbach (früher Gemarkung Handschuhsheim, heute Ziegelhausen), Titilesheim (Gemarkung Handschuhsheim), Lochheim (zwischen Kirchheim und Sandhausen), Alstat, Altstetten (zwischen Kirchheim und Sandhausen).
Weitere Wüstungen im Raum Heidelberg.
Eingemeindungen: 1891 Neuenheim, 1903 Handschuhsheim, 1920 Wieblingen, Kirchheim, 1927 Rohrbach, 1935 Grenzhof (seit 1920 „Nebenort“), 1975 Ziegelhausen.
Gründung von Stadtteilen: 1920 Pfaffengrund, 1957 Patrick-Henry-Village, 1968 Boxberg, 1975 Emmertsgrund. 2003 beschließt der Gemeinderat den Namen Bahnstadt für den neuen Stadtteil zwischen Pfaffengrund im Westen, Bahnlinie Heidelberg-Mannheim im Norden, Weststadt und Südstadt im Osten, Kirchheim im Süden. 2009 erfolgt der Spatenstich für den ersten Bauabschnitt der Bahnstadt. 2010 beginnt die Wohnbebauung in der Bahnstadt. 2011 stimmt der Gemeinderat der Festlegung der Stadtteilgrenze Bahnstadt zu und beschließt die Änderung der Satzung über die Stadtteilgrenzen der Stadt Heidelberg. Der Bereich der Alten Stadtgärtnerei (begrenzt durch Bahnlinie, Bernhard-Fries-Weg, Rudolf-Diesel-Straße und Speyerer Straße) bleibt beim Stadtteil Weststadt. Der Bereich südlich der Rudolf-Diesel-Straße verbleibt bei Kirchheim. Die südöstliche Grenze des Stadtteils Bahnstadt wird auf die Speyerer Straße festgelegt. 2012 ziehen die ersten Bewohner der Bahnstadt ("Am Langen Anger") ein.
Externe Links:
Kurze Geschichte der Stadt (1)
Kurze Geschichte der Stadt (2)
http://viaggi.ciao.it/Heidelberg__Opinione_465367 (La culla del romanticismo, kurze Geschichte der Stadt auf italienisch)
http://81.89.193.30:8080/wlan/info/941008262 (Biedermeier)
https://www.plejadium.de/real-life/historisches-uni/geschichte-entdecken/neues-video-wege-in-die-vergangenheit/ (Video: Wege in die Vergangenheit!)
https://www.plejadium.de/real-life/historisches-uni/geschichte-entdecken/historische-fotos-von-heidelberg/#schlierbach_und_ziegelhausen (Heidelberg vor 100 Jahren auf historischen Fotos)
https://www.plejadium.de/?s=hohlwege (Hohlwege um Heidelberg)